商務談判公告（gào）

掛網項目

序（xù）號

項目名稱

類型

項目文件（jiàn）號

1

毒種全基因組（zǔ）測序和16S rRNA測（cè）序（xù）項目等

服務類（lèi）型

CGB2024-0411-0301

需求（qiú）課題

需求服務（wù）

類別

共性

對HSV病毒進行三代HIFI測序並完成組裝注釋分析

1、具（jù）體要（yào）求：

1.1乙方可（kě）進行樣品DNA提取，甲方提供樣品；或由甲方提供滿足測序要求的樣品DNA。

1.2數據質量要求

1.2.1測序策略：三代Pacbio平台HIFI模（mó）式15~20K文庫測（cè）序。

1.2.2生產不低於物種基因組大小的100*的三代HIFI數據量。

1.2.3測序質量：Pacbio平台HIFI數據Q20>99% ，測（cè）序下機數據N50大於（yú）13 kb。

1.3每個樣品進行數據統計（jì）及質控、數據汙染評估（附帶數據（jù）汙染統計表）。

1.4基（jī）因（yīn）組組裝：組（zǔ）裝矯正及優化、GC含量（liàng）分析、測序深度分析、基因區覆蓋度評估；組裝後contig長度大於參考基因組的95%，覆蓋參考基因組90%以上，可由多（duō）次數據分析或加測達到（dào）上述測序要求。

1.5基因（yīn）組結構注釋（編碼區預測及編碼區部分密（mì）碼子使用統計、非編碼RNA（ncRNA）預測統計、CRISPR序列（liè）預測、基因島和原噬（shì）菌體預測）、基因功能注釋（GO功能注釋，KEGG通路注釋，Refseq、Pfam和TIGRFAMs、COG功能分類）。

三代測序

特殊需求

百日咳主種子，工作種子，第五代，第（dì）十代種子單出一個對比報告

三代測序

1. 百日咳、白喉、破傷風（fēng）主種子批，百日咳工作種（zhǒng）子批及第五代，第十代傳（chuán）代需測16S  rRNA測序；

2. 要求出16S  rRNA的測序報告（gào），不能（néng）是DNA或者擴增子的。另外需把百日咳主（zhǔ）種子，工作種子，第五代，第十代種子單出一個對比報告

16S  rRNA測序